El Puerto de Melilla dispone de líneas regulares a través de las siguientes navieras:
Trasmediterranea es la principal naviera española y una de las mayores de Europa, con más de 20 ferrys operativos de pasaje y carga que conectan durante todo el año los principales puertos de la península con los archipiélagos de Baleares y de Canarias, con las ciudades autónomas de Ceuta y Melilla y con el norte de África.
Desde el Puerto de Melilla opera con Málaga y Almería.
Naviera Armas nació en 1941 y se ha convertido en la compañía naviera más importante de Canarias. Ha contado con más de cincuenta buques a lo largo de sus distintas etapas.
Desde el Puerto de Melilla opera con Almería y Motril.
Balearia es una naviera española líder en el transporte de personas y mercancías rodadas en el Mediterráneo español. Realiza servicios regulares principalmente en Baleares, Estrecho de Gibraltar, y también en el Caribe.
Desde el Puerto de Melilla opera con Málaga y Almería.
